W ramach NPRH wnioski można składać w następujących modułach:
1. Moduł badawczy
1. konkurs o finansowanie projektów badawczych obejmujących badania naukowe dotyczące długofalowych prac dokumentacyjnych, edytorskich i badawczych o fundamentalnym znaczeniu dla dziedzictwa i kultury narodowej – moduł badawczy 1.1.
2. konkurs o finansowanie projektów badawczych realizowanych we współpracy międzyśrodowiskowej i interdyscyplinarnej przez naukowców polskich i zagranicznych – moduł badawczy 1.2.
2. Moduł wspierający młodych humanistów
1. konkurs o finansowanie projektów badawczych o istotnym znaczeniu dla rozwoju humanistyki realizowanych przez doktorantów w ramach współpracy interdyscyplinarnej, międzyinstytucjonalnej lub międzynarodowej – moduł wspierający młodych naukowców 2.1.